Polonia Bydgoszcz powstała jeszcze przed II wojną światową, 14 maja 1920 roku jako Klub Sportowy „Polonia”, bez posiadania do 1939 roku sekcji żużlowej. W międzywojennej Bydgoszczy istniały dwa kluby żużlowo-motocyklowe – Klub Motocyklistów Bydgoszcz powstały w 1925 roku oraz Klub Motocyklistów Związku Strzeleckiego. Pierwsze zawody żużlowe w grodzie nad Brdą odbyły się w 1930 roku. W 1935 roku mistrzem Polski został zawodnik miejscowego KMB Jan Witkowski. Po II wojnie światowej nie udało się reaktywować klubów przedwojennych, bowiem KMB był klubem „burżuazyjnym”, a Strzelec radykalnie prawicowym. Pomimo tego w Bydgoszczy cały czas funkcjonowali przedwojenni działacze i zawodnicy tamtych drużyn. Wówczas na pomysł kontynuacji przedwojennego KMB w ramach sekcji BKS „Polonia” wpadł działacz Polonii, Saturnin Wasilewski. Takim sposobem 22 maja 1946 roku przy BKS powstała sekcja żużlowa. W dość szybkim tempie uporano się z zarejestrowaniem maszyn i przyjęciem w poczet członków Polskiego Związku Motorowego. Z chwilą powstania sekcja liczyła 70 członków i działała na zasadach dużej autonomii. Również w 1946 roku w Bydgoszczy przy Milicyjnym Klubie Sportowym „Partyzant” powstała sekcja motocyklowo-żużlowa.

 

W latach 1946-1947 Polonia potwierdzała świetną markę bydgoskiego żużla, jaką wyrobił sobie jeszcze przed wojną KMB. W 1947 roku złoty medal mistrzostw Polski w klasie 250 cm³ wywalczył zawodnik Polonii, Zygmunt Śmigiel. W lokalnej rywalizacji dwóch klubów żużlowych Polonia mocno zdystansowała Partyzanta, choć ten już w 1947 roku „podebrał” biało-czerwonym 4 zawodników (Szczurowskiego, Przybyłkę, Tomaszewskiego oraz Karaszewskiego). Nie może więc dziwić fakt, że gdy w 1948 roku Polski Związek Motorowy wytypował 16 najlepszych klubów żużlowych celem rozegrania eliminacji do I oraz II ligi, z Bydgoszczy wytypowano Polonię. W 1948 Polonia przystąpiła do eliminacji tworzenia ligi żużlowej. Na 16 zaproszonych przez PZM ekip, Polonia zajęła przedostatnią lokatę. 6 czerwca 1948 poloniści zadebiutowali więc w rozgrywkach II ligi żużlowej meczem w Bytomiu. W sezonie tym biało-czerwoni zajęli „na drugim froncie” trzecie miejsce za Polonią Bytom i RKM-em Rybnik.

 

Na przełomie 1948 i 1949 roku władze państwowe wydały dekret, który mówił o przystąpieniu klubów sportowych do zrzeszeń. Zarząd Polonii zmuszony był rozwiązać klub, co nastąpiło w lutym 1949 roku. Sekcje BKS-u i cały ich majątek z częścią zawodników przekazano Zrzeszeniu Sportowemu „Gwardia” (wcześniej MKS „Partyzant”). Od tego momentu barwy sportowców ze Sportowej to czerwony, biały i niebieski. Sezon 1949 gwardziści rozpoczęli od barażu o prawo startu w I lidze, jednak nie ułożył się on po myśli bydgoszczan. W rozgrywkach ligowych Gwardia zajęła pierwsze miejsce, co oznaczało awans do I ligi. Tymczasem z powodu braków sprzętowych zarządzono konieczność rozegrania barażu. Drugoligowcy ścigali się na sprzęcie amatorskim, więc obiecano dostarczyć wszystkim zespołom równy sprzęt, mimo to gwardziści odmówili startu, ponieważ motocykle dostarczono im dopiero w dniu zawodów.

 

Po czterech kolejkach sezonu 1950 Gwardia oraz Włókniarz Częstochowa lideruje tabeli, lecz rozgrywek nie dokończono. Na najwyższym partyjnym szczeblu zapadła decyzja, aby sportowa aktywność w kraju miała formę zrzeszeń sportowych. Poza bydgoszczanami chęć do reprezentowania milicji wyrazili rzeszowianie i poznaniacy. O tym, który klub przystąpi do rozgrywek w lidze zrzeszeniowej zadecydował trójmecz rozegrany 23 kwietnia 1951 roku w Rzeszowie. Bydgoski klub reprezentowali: Józef Buda oraz pozyskani z Torunia Zbigniew Raniszewski i Roman Zakrzewski. Bydgosko-toruńska ekipa zwyciężyła w zawodach i zapewniła bydgoskiej Gwardii miejsce w najwyższej klasie rozgrywkowej. W sezonie 1951 siłę bydgoszczan mieli stanowić ponadto Bolesław Bonin i Feliks Błajda, a także pozyskani z innych milicyjnych ośrodków: Eugeniusz Nazimek, Kazimierz Kurek i Zygmunt Garyantosiewicz. Debiutancki sezon w I lidze Gwardia zakończyła na drugim miejscu, zdobywając srebrne medale mistrzostw Polski. Kolejny sezon drużyna zakończyła tuż za podium, na czwartym miejscu. W półfinale gwardziści przegrali z CWKS-em Wrocław. Natomiast mecz o 3. miejsce ze Spójnią Wrocław zakończył się walkowerem, gdyż zespół z Bydgoszczy nie przybył na zawody.

 

Przed sezonem 1953 Gwardię wzmocnili Jan Malinowski oraz Alfred Spyra. Zaowocowało to drugim w historii klubu wicemistrzostwem. Natomiast rok później bydgoszczanie plasują się na czwartym miejscu. Na sezon 1955 zespół wzmocnili bracia Rajmund i Norbert Świtałowie, a także indywidualny mistrz Polski, Mieczysław Połukard. Tymczasem w związku z likwidacją ligi zrzeszeniowej do Stali Rzeszów przeniósł się Eugeniusz Nazimek. Gwardia dopięła jednak swego i zdobyła swój pierwszy tytuł DMP. W sezonie 1956 zawodnicy wywalczyli brązowe medale, jednak sezon ten przyćmił tragiczny wypadek Zbigniewa Raniszewskiego. Pozyskany z Torunia zawodnik zginął 21 kwietnia w Wiedniu podczas meczu międzypaństwowego.

 

W maju 1957 klub przemianowano na Milicyjny Klub Sportowy „Polonia”. Pozostał on jednak przy czerwono-biało-niebieskich barwach. Żużlowcy sezon zakończyli drugi raz z rzędu na 3. miejscu.

 

Klub jako milicyjny funkcjonował do 1990 roku. Jednakże nazwa „Gwardia” już w 1957 przestała funkcjonować i od tamtego roku, aż po dziś nosi nazwę „Polonia”. Warte jest jednak podkreślenie faktu, że Polonia działająca w ramach resortu milicyjnego z klubem działającym do 1949 roku nie miała zbyt wiele wspólnego.

 

W sezonie 2007 klub po raz pierwszy w historii spadł do I ligi. Apator Toruń został jedynym klubem, który nigdy nie został zdegradowany, jednak Polonia była 25 lat dłużej w elicie od swojego rywala zza miedzy. Polonia Bydgoszcz dotychczas walczyła 5-krotnie w barażach m.in. z Unią Leszno (1968), Stalą Toruń (1973, 1975), Motorem Lublin (1981) oraz GKM Grudziądz (1983). Z każdego dwumeczu wychodziła zwycięsko. W 2008 roku Polonia wygrała rozgrywki I ligi i powróciła do Ekstraligi, jednak dwa lata później po raz drugi w historii spadła do I ligi. W ciągu ponad pół wieku jeżdżenia w najwyższej klasie rozgrywkowej Polonia zdobyła 25 medali DMP, z czego 7 złotych, 7 srebrnych oraz 11 brązowych. Tytuł mistrza Polski udało jej sie tylko raz obronić w latach 1997-1998. Bydgoski zespół w ciągu tych wszystkich lat rozegrał 928 meczów, wygrywając 484, remisując 28 oraz przegrywając 416. Łącznie w rozgrywkach ekstraligi zdobył 1002 punkty – jest to rekord polskiego żużla.